La version japonaise est sortie un peu après la version américaine. Le packaging est bien entendu différent, ainsi que le jeu, tout en japonais. Castlevania 64 japonais possède une mémoire integrée pour se souvenir de vos 3 parties différentes. Carrie ne se nomme plus Fernandez mais Belnades, tout comme Sypha, une des héroine de Castlevania 3, ce qui renforce à peu de frais la continuité de la saga. L'un des seuls vrais changement au final, c'est la présence de l'ignoble "gardien" qui a été remplacé par l'horrible et redoutée créature de Frankenstein dans les versions européennes et américaines.